Sejalan dengan visi dan misi Universitas Jember yang dituangkan pada Renstra Universitas Jember Tahun 2011-2015, dan visi misi Fakultas Pertanian Universitas Jember, maka Visi Program Doktor Ilmu Pertanian adalah :
Sebagai lembaga pendidikan tinggi yang berkualitas, berdaya guna, mandiri serta mampu menghasilkan lulusan yang berdaya analisis tinggi dan mampu menemukan teori-teori baru dalam bidang pertanian untuk merespon dan mengelola pembangunan pertanian industrial berkelanjutan.
Untuk merealisasi Visi tersebut, Misi Program Doktor Ilmu Pertanian ini adalah :
- Menyelenggarakan pendidikan Program Doktor Ilmu Pertanian yang profesional dan diperlukan dalam pembangunan pertanian industrial berkelanjutan
- Menyelenggarakan kegiatan penelitian di bidang pertanian yang bermutu dan mampu menghasilkan produk, teori serta konsep-konsep baru dalam memecahkan persoalan-persoalan pembangunan pertanian industrial berkelanjutan